Gmailのpopで疑問

Gmailアーカイブ化計画の一環として、ザウルス用にサーバーのメールヘッダーを取得してきて選択したメールの添付ファイルを取得するようなアプリをRubyで書いているのですが、一点疑問が。
このアプリ、GmailView(仮)とします、と標準メールでメール受信した場合でGmailの挙動が異なります。
GmailのPOPの設定を「すべてのメールで POP を有効にする」にしていて、GmailView(仮)だけだと何度受信（ヘッダー取得）してもサーバー上の全てのメールの情報が取得できます。ところが、一度標準メールで受信を行うとGmailの設定が「○○以降に受信したメールに対して POP は有効」に変わってしまい、その後GmailView(仮)で取得を行ってもサーバーにある既存のメールに対しては最新のメール１件しか取得できなくなってしまいます。
もちろんGmailの設定を「すべてのメールで POP を有効にする」に変更しなおせば良いのですが、この動作って普通なのでしょうか。標準メールとRubyの"net/pop"で何が違うのだろう？